Pengendalian banjir dilakukan dengan pengoperasian bangunan prasarana pengendali banjir (waduk, tanggul, pintu air dll serta didukung peralatan telemetri, kecuali pada anak anak sungai yang memang tidak didukung bangunan prasarana pengendali banjir.

Dengan peralatan telemeter yang mempunyai Pusat Pengendali (Master Control Station) di Kantor Pusat (Malang), curah hujan dan debit air sungai seluruh wilayah Kali Brantas(12.000 km2) dapat dipantau setiap jam. Data ini digunakan untuk menghitung/ memprediksi banjir, distribusi banjir dan peringatan dini banjir ke sepanjang Kali Brantas (320 km).

Menggunakan sistem pengukuran jarak jauh (tele¬meter) untuk water level dan rainfall yang dikontrol dari Master Station. Sistem telemeter yang dikembangkan berfungsi sebagai sistem peringatan dini dan dari data tersebut juga dapat digunakan sebagai peramalan banjir.

Sistem telemeter diaplikasikan sejak tahun 1989 menggunakan radio frekuensi sebagai media pengiriman data dan sej6 tahun tahun 2008 telah dikembangkan menggunakan sistem GSM.

EARLY WARNING SYSTEM (EWS) BERBASIS MASYARAKAT
 (Monitoring Instrumentasi Masyarakat   MIM)

Merupakan instrumentasi peringatan dini baniir dengan menggunakan teknologi sederhana yang tersebar di 19 titik di sepanjang WS Kali Brantas dan 35 titik di sepanjang WS. Bengawan Solo.

Instrumentasi ini berfungsi memberikan informasi dini kepada warga akan potensi terjadinya banjir.