Aspek pengendalian kualitas air dan pencemaran air yang ditugaskan kepada Perum Jasa Tirta I ada!ah melakukan monitoring yang dilakukan dengan pemantauan pada 51 titik monitoring di sungai Kali Brantas dan 53 titik monitoring di buangan limbah industri dominan. Hasil pemantauan dan evaluasi disampaikan secara periodik (triwulanan dan tahunan) kepada Gubernur Propinsi Jawa Timur Direktur BPSDA Ditjen SDA Departemen PU, Wakil Gubernur Propinsi Jawa Timur, Kepala Bapeprop, Kepala Bapedal Propinsi Jawa Timur, Kepala Dinas PU Pengairan Propinsi Jawa Timur, Pemimpin Induk Pelaksana Kegiatan PWS Kali Brantas, Bupati/Walikota di WS Kali Brantas, Kepala Dinas/Kantor Lingkungan Hidup Kabupaten/Kota di WS Kali Brantas serta secara bulanan kepada PDAM Kota Surabaya dan Sidoarjo.

Partisipasi Perusahaan dalam upaya pengendalian kualitas dan pencemaran air meningkat dengan dimilikinya Laboratorium Kualitas Air di Malang dan Mojokerto. Upaya lain adalah dengan menjaga debit sungai Kali Surabaya minimum 20 m3/dt pada musim kemarau, serta memberikan informasi yang rutin pada pelanggan utama bila terjadi pencemaran.

Sesuai PP nomor 82 tahun 2001 tentang Pengelolaan Kualitas Air dan Pengendalian Pencemaran Air pasal 5 dan pasal 6, wewenang pengelolaan kualitas air dan pengencialian pencemaran air pada Pemerintah sesuai dengan klasifikasi sungai (lintas Propinsi, lintas Kabupaten/Kota atau dalam satu Kab./Kota). Perum Jasa Tirta I ikut berperan aktif mewujudkan kondisi kualitas air di wilayah Kali Brantas dan Bengawan Solo sesuai dengan peruntukannya dengan melakukan pemantauan dan pengawasan mutu air.

Untuk wilayah Kali Brantas dilakukan sesuai SK Gubernur Propinsi Jawa Timur nomor 28 tahun 2000, dengan tugas dan tanggung jawab meliputi:

1. pemantauan dan evaluasi perubahan mutu air pada sumber      sumber air
2. pengumpulan dan evaluasi data pencemaran air pada sumber air
3. dalam rangka penyusunan program kerja sebagaimana dalam Pasal8ayat(l) DinasTeknis/PerumJasaTirta I melakukan pemantauan dan evaluasi limbah cair yang dibuang ke sumber   sumber air pada daerah sempadan atau pada tempat yang ditentukan.

Disamping hal itu, pengendalian juga dilakukan pada sumber pencemar melalui upaya koordinasi pengendalian terutama bersama pihak Badan Lingkungan Hidup (BLH) Propinsi Jawa Timur, serta ikut aktif dalam penyusunan Perda tentang perijinan pembuangan limbah cair.

Ditinjau dari beberapa parameter (BOD, COD, dan DO), hasil pemantauan tahun 2007 di Wilayah Kali Brantas menunjukkan bahwa kondisi sungai cukup baik (DO dan COD memenuhi baku mutu yang ditetapkan dalam PP No. 82 tahun 2001), walaupun kadar BODnya masih diatas baku mutu.